Shopify構築に使える補助金｜持続化補助金・デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）・自治体の補助金と、使う場合の段取り

はじめに

Shopifyでネットショップを作りたいが、構築費を補助金でまかなえないか調べている
IT導入補助金が使えると聞いたが、Shopifyが対象になるのか分からない
補助金を使う場合、いつ申請して、いつ発注すればよいのか知りたい

このような方のための記事です。

この記事では、Shopify構築に使える補助金を3つに分けて、それぞれでどこまで補助されるか、2026年の締切、補助金を使うと公開日がどう決まるかを解説します。制度の内容は2026年10月時点の公募要領をもとにしています。補助金を使ったShopify構築は、自分のところでも市の補助金と府の補助金の案件を担当していて、そこで実際に求められた書類や段取りも書いています。

構築費そのものの相場はShopify構築の費用相場、依頼から公開までの期間はShopify構築を依頼してから公開までの流れにまとめています。

Shopify構築に使える補助金は3つ

制度	Shopify構築で補助される範囲	補助率と上限	2026年の受付
小規模事業者持続化補助金	サイトやECサイトの構築費。ただし他の経費と一緒に申請し、サイト分の補助は30万円まで	2/3、全体の上限50万円	11月5日〜12月15日
デジタル化・AI導入補助金	登録されたITツールの費用だけ。デザインや画面の制作費は対象外	1/2、5万〜150万円	6次締切が10月30日
自治体の補助金	自治体による。構築費の全額を外注費に計上できた例もある	2/3・上限100万円の例など	自治体ごと

3つのうち、Shopifyのストアのデザインや構築の作業そのものに補助が出やすいのは、持続化補助金と自治体の補助金です。デジタル化・AI導入補助金は、名前から「ECサイト制作に使える」と思われがちですが、補助されるのは事前に登録されたソフトウェアの費用で、ストアの見た目を作る費用は基本的に対象になりません。

小規模事業者持続化補助金

販路開拓のための取り組みに補助が出る制度で、ECサイトの構築は「ウェブサイト関連費」として対象になります。公募要領には、販路開拓等を行うためのウェブサイトやECサイトの開発・構築・更新・改修・運用に要する経費と書かれています。

対象になるのは小規模事業者で、小売業やサービス業なら常時使用する従業員が5人以下、製造業その他なら20人以下です。

Shopify構築で使う場合に押さえておきたい条件は次のとおりです。

ウェブサイト関連費だけでは申請できない。 チラシや広告などの広報費、展示会の出展費など、ほかの経費と一緒に申請する必要があります
ウェブサイト関連費の補助は30万円まで。 補助率が2/3なので、構築費45万円分までが満額の対象で、それを超える分は自己負担です。第19回までは「申請額の1/4・最大50万円」でしたが、第20回から30万円に変わりました
50万円以上で作ったサイトは処分が制限される。 税抜50万円以上で作ったサイトは「処分制限財産」になり、通常5年間は勝手に閉鎖や譲渡ができません
補助事業期間内に公開まで終える。 期間内に運用に至らなかったサイトは対象外です

2026年度の第20回は、申請受付が11月5日〜12月15日17時です。申請には地域の商工会・商工会議所が発行する「事業支援計画書」が必要で、その発行依頼の締切は12月4日と、申請締切より早く設定されています。

採択の発表は2027年3月頃の予定で、そこから見積書を出して交付決定を受けるまで、さらに1〜2か月かかるとされています。交付決定より前に発注・契約したものは補助の対象外なので、第20回で申請した場合、Shopify構築を発注できるのは早くて2027年4〜5月です。

外部記事申請について｜小規模事業者持続化補助金【一般型・通常枠】公募要項等申請の際は公募要領、別紙「参考資料」（準備中）、よくあるご質問（準備中）を必ずご確認ください。【参考】旧版の公募要領はこちら電子申請 ※第20回公募については、現在準備中です。official.jizokukanb.com

デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）

2026年度からIT導入補助金の名前が変わったものです。業務の効率化のためのソフトウェア導入に補助が出る制度で、補助されるのは「IT導入支援事業者」として登録された会社が、事務局に事前登録したITツールの費用だけです。

そのため、Shopifyと自分で契約した月額の料金は対象になりません。対象になり得るのは、登録された支援事業者がShopifyを使った構築パッケージなどをITツールとして登録していて、その会社を通して導入する場合です。

補助の中身は次のとおりです。

補助率は1/2、補助額は業務プロセスの数に応じて5万円〜150万円未満、4プロセス以上で150万〜450万円
ソフトウェアの購入費、クラウドの利用料が最大2年分、導入設定や研修、保守の費用も一緒に申請できる
ITツールは、顧客対応・販売支援、決済、在庫・物流、会計などの業務プロセスを持っている必要がある

外部記事通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026/applicant/subsidy/normal/it-shien.smrj.go.jp

Shopify構築の費用のうち、ストアのデザインやページのコーディングは、この制度の目的である業務の効率化に当たらず、対象外になります。公募要領は予約システムについて「顧客側画面を新規制作する費用は、スクラッチ開発に該当するため対象外」と書いていて、お客様が見る画面を作る費用に補助が出ないという考え方はECサイトでも同じです。

受注管理や在庫の連携、会計ソフトとの連携など、裏側の業務を効率化するツールを導入するなら検討の価値があります。通常枠の6次締切は2026年10月30日17時、交付決定は12月10日の予定で、それ以降の締切は事務局のサイトで順次発表されます。申請にはGビズIDプライムと、IPAの「SECURITY ACTION」の宣言が必要です。

外部記事事業スケジュール｜デジタル化・AI導入補助金2026/schedule/it-shien.smrj.go.jp

自治体の補助金

都道府県や市区町村にも、販路開拓やデジタル化を支援する補助金があります。名前や条件は自治体ごとに違いますが、Shopify構築の費用をそのまま補助の対象にできることがあり、自分が担当したShopify構築の案件で補助金を使ったのは、2件とも自治体の補助金でした。

市の補助金。 商工会議所を通して申請し、補助率2/3・上限100万円でした。構築費の全額を外注委託費として計上しています
府の補助金。 利益率の向上と賃上げを支援する事業で、事業計画期間は8月〜翌年1月でした。期間内に納品・公開・支払いまで終える必要があり、そこから逆算して公開日を決めています

受付の時期や対象の経費、予算の枠は自治体ごとに違います。地元の商工会・商工会議所に聞くのが一番早く、自治体のサイトや、国の補助金検索サイト「J-Net21」でも探せます。

外部記事支援情報ヘッドライン | J-Net21[中小企業ビジネス支援サイト]中小企業・小規模事業者向けに、補助金や融資、税制優遇などの支援策を業種・地域・目的別に検索できる公的支援策の検索ツールです。j-net21.smrj.go.jp

補助金を使うと、公開日は補助金のスケジュールで決まる

補助金を使う場合、どの制度でも「交付決定より前に発注・契約・支払いをしたものは対象外」です。つまり、構築を始められるのは交付決定の後で、公開と支払いは補助事業期間の終わりまでに済ませる必要があります。

段階	持続化補助金第20回の場合
申請	2026年11月5日〜12月15日
採択の発表	2027年3月頃
交付決定	採択から1〜2か月後
構築・公開	交付決定〜2028年3月31日
実績報告	2028年4月10日まで

Shopify構築の期間は、小規模なストアで2〜3か月かかります。持続化補助金を使うと、今から準備しても公開は2027年の夏以降になります。年内や春に公開したい場合は、補助金を使わずに進めるか、受付の早い自治体の補助金を探すかの判断になります。

補助金は後払いです。制作会社への支払いは一度全額を自社で払い、実績報告が通ってから補助金が振り込まれるので、その間の資金も見込んでおいてください。

補助金を使うShopify構築で、発注側が準備すること

担当した案件で実際に求められたことをもとに、依頼の前後で準備しておくことをまとめます。

申請時の見積もりに、やる可能性のある作業を全部入れる。 申請の後に見積もりへ追加した作業は、補助の対象になりません。市の補助金の案件では、商工会議所に確認したうえで、操作研修、運用マニュアル、追加ページ、公開後の保守まで含めた見積もりで申請しました。補助金は実際に支払った額をもとに精算されるので、実施しなかった作業の分が支払われることはありません。

50万円を超える発注は相見積もりを取る。 持続化補助金では、1件あたり税込50万円を超える発注は2社以上から見積もりを取り、安いほうを選ぶ決まりです。見積もりは補助を受ける事業者自身が別々の会社から取る必要があります。依頼先の比べ方はShopify制作会社の選び方を参考にしてください。

交付決定の前に、契約も発注もしない。 打ち合わせや見積もりの相談は進めておいて構いませんが、契約書の締結と発注、請求書の発行は交付決定日より後にします。

実績報告に使う書類を、制作側と最初に決めておく。 担当した案件では、契約書、見積書、請求書、振込の記録に加えて、納品日と制作内容を書いた納品書を求められました。見積書の項目と実際の作業の対応が分かる資料が要ることもあります。制作側が普段出していない書類もあるので、契約の段階で伝えておくと、納品のときに慌てずに済みます。

適格請求書を出せる依頼先か確かめる。 補助金の経理書類として、インボイスの登録番号が入った請求書が必要になる場合があります。

さいごに

Shopify構築の費用に補助を受けやすいのは、小規模事業者持続化補助金と自治体の補助金です。デジタル化・AI導入補助金は、登録されたツールの導入が対象で、ストアのデザインや画面の制作には使えません。どの補助金も交付決定の後でないと発注できないので、公開を希望する日と補助金のスケジュールが合うかを先に確かめてください。

自分のところは、補助金を使ったShopify構築の見積もりや、実績報告用の納品書の発行にも対応しています。料金はサービスページ、実際の構築例は制作実績からご覧ください。

使う予定の補助金の名前と、公開を希望する日をお問い合わせから送っていただければ、補助金のスケジュールに合わせた進め方と見積もりを回答します。